Coordination Bond

[概要] この記事では、shellと適当な翻訳ソフトで、英語論文をチャチャっとそれなりに和訳して、内容を把握するための情報処理Tipsを提供します。 途中、なぜこのような記事を書くに思い至ったか、という雑感が著してありますが、急いでいる人は [方法] まで飛んでください。 [4/16日: 文字化け問題を解消しました。] [序文]   このコロナウイルス騒動で、自宅待機を命じられ、しこたま英語論文を読んでいる人も多いのではないでしょうか。 特に、ラボに入って間もない学生さんたちには、とてつもない苦行なのではないか？と推測します。 私は今でも、英語をスラスラ読めるわけではないですし、ラボに入った頃を思い返すと、読んでも読んでも全然頭に入ってこなかったのを、とても鮮明に覚えています。 （読んだ論文の中身は覚えてないけど。。） 修士時代に留学先で出会ったアメリカ人は、Reveiw論文を何報も読んでいて、爽やかに「これがオススメだよ！」と、300 P 近くの論文の束を、わざわざプリントアウトして僕にくれました。 こんなん勝てるわけねぇ、、と思ったものです。 なぜ読めないのか？！？ 分析してみると、２つの要因があるように思います。 1. 英語が不得意（そりゃそうだ） 2. 書いてある内容（サイエンティフィックな論理）が難しい どちらか一方が苦手なだけな人であれば、継続的な努力でなんとかなりそうです。 しかし、どちらも訓練がたりていなかったとしたら・・・？ 英語論文を読むって、一輪車に乗りながら、そろばんを弾くくらいの難易度 があるのではないでしょうか。 （ イラストや にも、流石にこれらを同時にこなす人のイラストはなかった。） この点について、twitterを見ていると、 • ラボに入ったら、和文の総説から読み始めたらいいんだよ！　派と、 • 初めに変な癖がつくと良くないので一流とされている研究者の総説がいいよ！　派、 が戦っていました。昔は、後者押しでしたが、最近私は前者に傾いています。 というのも、境界領域的な仕事をしようとすると、やはり英語では吸収速度が遅く、間に合いません。 和文で概要を掴んでから、ピンポイントな論文は英語の原著、ということが多いです。 毀誉褒貶のある人ですが、人工...

PDFファイル、バラバラにしたくない！？ 諸般の事情で、PDFを1ページずつに分割する必要がありました。 mac、あるいはLinux環境であれば、「poppler」というプログラムをインストールすることで、Shellから命令して、pdfについての様々な操作ができるようになります。 手順は以下のとおりです。 1. popplerをインストールする  ターミナルに、以下のコマンドを打ち込めばpopplerが無償でインストールされます。 $ brew install poppler （brewってなに？という人、インストールがうまく行かなかった人は一番下へ。） 2. pdfseparate コマンドで、pdfファイルをバラバラに あとは、ターミナルから指示をするだけ。 以下の指示を打ち込めば、page-1.pdf、 page-2.pdf、 page-3.pdf、、、と、ファイルが生成します。 $ pdfseparate (目的のファイルの名前.pdf) page-%d.pdf 以上です！ _________________ ※ brew とは、あなたのmacに入っていないプログラムをインストールするのを助けてくれるプログラムで、とても広く利用されています。 もし、インストールしていなければ、入れておくことをおすすめします。 参考: https://yu8mada.com/2018/04/12/homebrew-s-installation-and-basic-usage/ 　　: https://original-game.com/homebrew/ 私は、インストールの際に、下記のようなエラーが出ました。 Error: Xcode alone is not sufficient on Mojave. Install the Command Line Tools:    xcode-select --install この場合、Xcode（macの中に入っている、いにしえのプログラム）のアップデートが必要です。 指示された通り、 $ xcode-select ––install と打ち込むことで、xcodeが更新され、brewもうまく作動しまし...

[概要] 本記事では、いくつかのShellスクリプトを、取りまとめて実行する方法について解説します。 いわゆる、「シェルスクリプト」というやつの使い方になります。 [まくら]  前の記事 で、macのターミナルを使ったcsvファイルのダウンロードと、データの処理について解説しました。 shellスクリプトを利用すると、webブラウザを経由することなく、手早く情報の処理が行えることが分かったかと思います。 黒い画面を見ると恐怖を感じる人も多いかもしれませんが、かんたんなスクリプトを組めると、 同じことを何度もする必要がある場合に、時間を大きく節約できます。 さて、前回の記事では、近畿の各県の情報、全国の、その日その日の死者数についての情報 を、それぞれcsv形式で保存するスクリプトを紹介しました。 都合、５本のコマンドを実行すればこれらの情報をすべて得られます。 でも、 めんどくさい ですよね。 人によっては、47都道府県の情報をすべて個別に取得したいひともいるでしょう。 やってられません！ 大丈夫です。めんどくさいをなんとかしてくれるのが、コンピュータです。 [流れ] 1. 適当なテキストエディタを開く 2. 実行したいシェルスクリプトをそこに貼り付ける 3.   一番はじめの行に、「 #!/bin/sh 」と書いて、名前をつけて保存する 4. ターミナルから、先程作ったスクリプトを実行する 簡単ですよね？ [詳説] 1. 適当なテキストエディタを開く なんでもよいです。macであれば、テキストエディットで大丈夫です。 少しプログラミングに興味がある人であれば、プログラミング用のエディタである、 「 Visual Studio Code  (VS Code)」をインストールしてもよいかもしれません。 カッコの後ろ半分を補完してくれたり、一括変換が便利だったりします。 プログラミングをしていると、 カッコで挟んで、それをまたカッコで挟んで、、、このカッコ、どれと対応してるん？見たいな状況がよくあるのですが、色を自動で変えてみやすくしてくれたりします。 マイクロソフト社製です。MS社にはあまり良いイメージはなかったんですが、 VS Codeはオープンソース...

当ブログは、化学に関することを扱うものですが、情報処理技術はますます化学でも大事になると思っています。 COVID-19の感染が広がっていますが、このデータを利用して、情報処理のデモンストレーションをする記事を 公開 しました。 先の記事では情報ソースを探して来て、csvファイルをダウンロードし、excelを用いてグラフを作っています。 多少の公益もあると考え、 ２日置きくらいで更新しているのですが、かなり面倒です。 そこで今後は、データ処理の操作を自動化して行きたいと思います。 内容を理解すれば、あなたのお住いの都府県についての情報を、 簡便に抽出することができます。 全部、pythonで処理を作ることもできるのだと思いますが、前処理はMacに最初から入っている「ターミナル」で、簡便に行うことができます。 (本記事はMac用の情報です。) ＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿ ＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿ ＿＿ ターミナル上では、 shellコマンドとよばれる簡単なプログラムを走らせる事ができます。 いろんなコマンドがあるのですが、これらをうまく使うと、特別なアプリを立ち上げることなく、ちゃちゃっと処理ができてしまいます。 我々が普段使っている、メーラーやワードなどのプログラムは、GUI（グラフィカル ユーザー インターフェース）と呼ばれます。 画像ベースで直感的な操作ができるため、特別に覚えることが少ないです。 （マウスでポチポチするのって簡単ですよね？でも、ショートカットも使ったほうが早いよ！） 一方で、プログラム間の連携が悪かったりします。 ターミナルでの処理は、CUI（キャラクター ユーザー インターフェイス） とよばれ、文字ベースでコンピューターとやり取りする方法です。（厳密にはターミナルはCUIを模したGUIだそうな。。。 参考 ） 多少、おぼえることがあるのですが、文字ベースですべて処理していくので、とても大きなデータの中の一部分だけを抜き出して来たり、繰り返して同じ操作をすることに向いています。 いつも使っているアプリに、「あんな機能あったらな！」と思うことがあると思いますが、アプリの更新を待たずとも、自分である程度データを捌くことは可能なんです！ 例えば、GaussViewで、なんでもかんでも知りたい情報を見られる...